Skjellanalyser gir oss informasjon om andel rømt oppdrettslaks i fangster og oppdrettslaksens rømningstidspunkt. Genetiske metoder er i stadig utvikling, og i dag kan vi skille villaks og oppdrettslaks basert på DNA fra skjell. Vekstmønster og genetiske analyser fra skjellprøver kan sammenlignes med prøver fra oppdrettsanlegg for å undersøke hvor oppdrettslaksen har rømt fra.

Vi kan også beregne den genetiske innkrysningen av oppdrettslaks i villaksbestander. Basert på historiske skjellsamlinger kan vi følge bestandenes genetiske sammensetning over tid, og hente ut ny kunnskap for eksempel om rømningstidspunkt for oppdrettsfisk og effekten av tiltak for å hindre rømning.

I tillegg utføres det i dag forsøk med analyser av sporstoffer i skjellet for å utvikle metoder for å finne den rømte oppdrettslaksens opphav.

Villaksen vokser opp i elva hvor den vanligvis oppholder seg fra ett til fire år før den vandrer ut i havet som smolt. I havet øker den kraftig i størrelse før den vandrer tilbake til elvene for å gyte, oftest etter ett til tre år. Ved hjelp av skjellanalyser kan vi bestemme smoltens alder og størrelse som er viktig informasjon i bestandsmodeller. Hvordan dette varierer mellom ulike år, kan blant annet si noe om menneskeskapte endringer i miljøet i elva.

Ved å analysere skjellene til voksen laks kan vi få sammensetningen av størrelsen og sjøalder til gytelaksen. Dette brukes blant annet til å korrigere fangststatistikk og gir viktig informasjon om endringer og variasjon i mengde laks mellom år.

Skjellene forteller oss også om endringer i laksens vekstforhold i havet og kan være en viktig kunnskapskilde for overvåking, for eksempel i forbindelse med effekten av klimaendringer. Det er også god sammenheng mellom hvor godt laksen vokser i havet og dens overlevelse. I år med god vekst er det større overlevelse. Ut fra skjellprøvene kan veksten beregnes, og skjellprøvene vil derfor kunne gi viktig informasjon om overlevelsen til ulike laksebestander. I tillegg inneholder skjellene DNA som kan brukes til å identifisere hvilken region, og i noen tilfeller hvilken bestand, laksen kommer fra.

Genetiske analyser brukes også til å avsløre artshybrider mellom laks og ørret, som kan forekomme i store antall i noen elver.

Det er av stor viktighet å samle inn og ta vare på skjellene fra laks det tas prøver av. Dette materialet har en rekke ulike bruksområder. For eksempel inneholder skjellene materiale som kan beskrive forskjeller mellom ulike laksestammer og graden av genutveksling mellom dem. 

Analysemetoder er i stadig utvikling, og ved å ha historiske samlinger av skjell kan bestandenes genetiske sammensetning følges over tid. Slik har skjellprøver som ble samlet inn for 50-100 år siden nå fått et nytt bruksområde det ikke var mulig å forutse da prøvene ble samlet inn. 

På samme måte er det historiske arkivet også viktig for å følge utviklingen i livshistorieparametere som vekst og alderssammensetning i de ulike bestandene. 

Det historiske skjellmaterialet lagrer også viktig informasjon om endringer i miljøet ved at sporstoffer fra miljøet kan lagres i skjellet. 

Videre kan man ved analyser av skjell fra rømt oppdrettslaks i skjellarkivet vurdere effekten av ulike tiltak for å hindre rømning, og rømningstidspunktets betydning for om oppdrettslaksen vandrer opp i elver for å gyte eller ikke.